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생물정보학과 생물방어- 천연 병원균과 변형 병원균을 이해하는 핵심 생물방어(biodefense) 연구는 전염병의 위협에 직면해서 안전을 개선하는 문제를 위해서 뿐만 아니라 생물방어와 이와 관련된 생물정보학(bioinformatics)이 기초과학 분야에 병원체에 대한 이해를 제공하기 때문에 국가적으로 상당히 우선하는 연구분야다. 생물방어, 생물정보학, 분자생물학, 미생물학, 정보기술, 다른 분야의 전문가들을 소집해 생물정보학의 실천 분야가 나아갈 길과 국가안보와 과학의 진보에 도움이 되도록 발견의 속도를 향상하기 위한 지원 방법에 대해 논의를 하였다. 참여자들은 자료설명과 저장(Data Description and Repositories), 알고리즘과 소프트웨어 자원, 인프라 자원 개선을 위한 구체적인 권고사항을 제시했다. 기금제공, 일관성, 사용가능성을 포함하여, 데이터베이스의 많은 특징은 생물정보학자들에게 문제를 제기한다. 생물정보학 데이터베이스 자원이 정부가 기금을 제공하는 도메인에 남아있는 것은 중요한 문제다. 더구나, 자료공유 계획은 개발이 이루어질 새로운 생물정보학 데이터베이스 자원을 명확하게 규정해야 하며 그런 데이터베이스를 이용하는 연구자들은 데이터베이스에 대한 공동연구(collaboration) 계약을 맺어야 한다. 생물방어의 구체적인 필요성을 위해 개선된 본체론(ontologies, 의미론적으로 그리고 계량적으로 이용할 수 있도록 주석을 단 자료를 구축하는 것)을 개발하기 위한 노력은 특정한 병원체 존재의 폭의 격차를 메우기 위해 고무되고 강화되어야 한다. 생물학의 많은 측면에서 본체론에 대한 추가 작업을 하는 반면에, 생물방어와 관련된 본체론은 생물방어와 인간의 건강 문제와 관련된 통합데이터베이스 구축을 가속할 필요가 있다. 생물방어와 생물정보학 분야의 연구자들은 계통발생 과제, 변형 유형화(strain typing), 가공된 유기체를 만드는데 더 많고 나은 소프트웨어 도구가 필요하다. 미래엔, 연속기술(sequence technology)이 개선되고 자료가 생성되는 비율이 계속 늘어, 자료를 다루고 저장하는 현재의 모든, 대규모의 중앙집중식의 단일 체계가 결국엔 사라질 것이다. 측정할 수 있는 새로운 방법을 이행하고 더 분산된 시스템으로 나아가야 한다. 생물정보학자에 대한 통계 교육(statistical training)엔 결함이 있는 데 이는 이 분야의 대표적인 주요 약점이다. 교육을 담당하는 사람들은 실험자들에게 적합한 통계 교육을 제공해야 한다. 국가 생물공학보센터(National Center for Biotechnology Information: NCBI)의 제출도구(submission tools)는 사용자들이 제출하고자 하는 자료의 크기와 복잡성에 적합하지 않다. 새로운 패러다임에서는 순서관리(sequence management)가 필요하다는 것이 명백하고, 새로운 패러다임의 특징은 분명하지 않다. 구글과 이의 다양한 도구와 자원이 좀 더 개방적이고 측정할 수 있는 방식으로 정보를 공유하도록 하는 데 역할을 해야 한다. NCBI를 다음 십년 동안 생물학 자료의 필요성을 충족시키도록 개선하는 것이 우선할 일이다. 목차 요약 도입 알고리즘과 소프트웨어 자원 인프라 자원 권고사항 |
