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논문 기본정보
DNA Polymerase Binding to the Primer/template Duplex Affects the Efficiency of PCR
논문 개요
| 기관명 | NDSL |
|---|---|
| 저널명 | 中國生物工程雜誌 = Journal of Chinese biotechnology |
| ISSN | 1671-8135, |
| ISBN |
논문저자 및 소속기관 정보
| 저자(한글) | YANG, Qi-qi,ZHANG, Jun-wei,ZHU, Jian,LIU, Jian-ping,HUANG, Qiang |
|---|---|
| 저자(영문) | |
| 소속기관 | |
| 소속기관(영문) | |
| 출판인 | |
| 간행물 번호 | |
| 발행연도 | 2014-01-01 |
| 초록 | PCR은 체외 효소 촉매를 통해 특이성 DNA 단편을 합성하는 방법이다. 프라이머의 우열은 PCR의 특이성 및 체외 효소 합성의 성공 여부와 직접적인 연관이 있다. 전통적인 PCR 프라이머 설계 소프트웨어는 DNA 중합효소와 프라이머/템플릿 사이의 친화성이 PCR 효율에 미치는 영향을 거의 고려하지 않았다. DNA 중합효소와 프라이머/템플릿 사이의 상호작용이 PCR의 효율성에 미치는 영향을 연구하기 위해 Taq DNA 중합효소와 서열이 서로 다른 프라이머/템플릿 DNA 상호작용의 3차원 구조 모델을 구축하고 MM/GBSA 방법을 사용하여 복합물의 결합 자유 에너지(binding free energy)를 계산한다. 결합 자유 에너지를 매개변수로 하여 사람 혈청 알부민 유전자(Human Serum Albumin gene, HSA gene) 및 결핵균 pyrF 유전자(Mycobacterium tuberculosis pyrF gene)를 대상한 PCR 프라이머를 설계한다. PCR 실험 결과 프라이머의 PCR 효율은 결합 자유 에너지와 관련이 있는 것으로 나타났다. 프라이머와 중합효소 사이의 결합 자유 에너지가 낮을수록 PCR 실험의 효율은 상대적으로 높았다. 위의 결과는 DNA 중합효소와 프라이머/템플릿 사이의 상호작용은 PCR 효율에 중요한 영향을 미친다는 것을 보여준다. 따라서 프라이머/템플릿 DNA와 중합효소의 결합 자유에너지는 PCR 프라이머 설계의 새로운 매개변수로 이용할 수 있다. |
| 원문URL | http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART71005656 |
| 첨부파일 |
추가정보
| 과학기술표준분류 | |
|---|---|
| ICT 기술분류 | |
| DDC 분류 | |
| 주제어 (키워드) | PCR,DNA polymerase,Primer design,Binding free energy,Molecular modeling,PCR,DNA 중합효소,프라이머 설계,결합 자유 에너지,분자 모델링 |