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논문 기본정보

Bioinformatics and Expression Analysis of a Specific Fibrillin Gene FBN11 in Rice

논문 개요

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기관명 NDSL
저널명 植物遺傳資源學報 = Journal of plant genetic resources
ISSN 1672-1810,
ISBN

논문저자 및 소속기관 정보

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저자(한글) ZHOU, Hui-mei,XIE, De-ying,LI, Jia-jia,XIE, Guo-sheng
저자(영문)
소속기관
소속기관(영문)
출판인
간행물 번호
발행연도 2014-01-01
초록 Fibrillin 11(FBN11)은 식물 색소체 중의 FBN 단백질 패밀리의 중요한 구성 요소 중의 하나로서, 기타 구성 요소보다 300~500개의 아미노산 잔기가 많다. 이는 FBN11이 일부 특이성 구조와 기능이 존재할 가능성이 있다는 것을 설명한다. 본 연구는 논벼 유묘에서 하나의 비생물학적 역경 스트레스를 받아 유도된 OsFBN11 유전자의 전체 길이 cDNA를 증폭하여 획득하였다. 상기 유전자는 12개의 인트론(intron)과 13개의 엑손(exon)을 포함하였다. 상기 유전자가 코딩하는 단백질의 분자량은 72.36 kD이고, pI값은 9.26이다. 생물정보학적 분석 결과, 상기 단백질은 불규칙적인 만곡, α 나선 및 β-중첩 증 3가지 아미노산 2차구조를 함유하고, 막관통 도메인은 함유하지 않았으며, 단백질의 친수성이 강했다. PSORT 소프트웨어를 이용하여 예측한 결과, 상기 단백질은 엽록체에 위치하였을 가능성이 있다. 14가지 식물의 FBN11 단백질의 동원성과 5개 종의 상기 단백질의 보수 도메인을 심층 분석한 결과, 상기 단백질은 전형적인 PAP-Fibrillin 도메인과 단백질 키나아제 PKc 도메인을 동시에 구비하였다는 것을 발견하였다. 논벼의 전체 발육 단계의 칩 분석(chip analysis) 결과, OsFBN11 유전자는 주로 캘러스(callus), 잎 및 근계에서 높은 수준의 발현을 나타냈다. RT-PCR 검측 결과, 상기 유전자는 논벼 유묘에서 ABA, NaCl 및 가뭄 스트레스를 받아 발현이 상향 조절(up-regulated)되었다. 연구 결과, OsFBN11는 논벼 색소체의 발육과 비생물학적 스트레스 반응에서 중요한 작용을 할 가능성이 있다.
원문URL http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART71007022
첨부파일

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과학기술표준분류
ICT 기술분류
DDC 분류
주제어 (키워드) Rice,Fibrillin gene family,OsFBN11,bioinformatics analysis,RT-PCR,논벼,Fibrillin 유전자 패밀리,FBN11 유전자,생물정보학적 분석,역전사-중합효소 연쇄반응