| 저자(한글) |
XU, Jian,ZHAO, Jian,XU, Li-ming,CUI, Jun,LI, Qiang,ZHU, Xin-ping,XU, Peng |
| 초록 |
분자 마커 보조 육종의 요구를 만족시키기 위하여, 454 시퀀싱 플랫폼을 통하여 잉어(Cirrhina molitorella) 전사체 깊이 시퀀싱을 최초로 추진하였으며, Newbler 등 소프트웨어로 데이터 정밀 분석을 진행하였다. 분석 결과, 총 1,297,479개의 reads를 얻었으며, 총 염기서열 수는 486,586,191bp이고, 조립 후 19,962개 contigs를 얻었으며 평균 길이는 1,269bp, N50은 1,509bp이다. 유전자 기능 주석 연구에서 총 10,577개 특이 단백질을 얻었으며, 특이 단백질 주석 결과에 근거하여 GO(Gene Ontology) 분석을 진행하였다. 결과, 7,314개 contigs가 GO 주석이 있었으며, 5,381개 특이 단백질을 포함하였다. GO 기능 분류 도구를 이용하여 이미 주석한 전사물질 서열을 분자 기능, 생물 경로와 세포 성분 3개 유형으로 나누었으며, 성장 등 형질 관련 유전자 기능 검증 연구를 한단계 추진하는데 풍부한 서열 자원을 제공하였다. 또한, 완벽한 ORF를 가진 총 5,931개 전체길이 cDNA 서열을 감정하였으며, 2,438개 미세위성과 5,014개 SNP 사이트를 감정하였다. 본 연구에서는 또 잉어 전사체 데이터베이스와 웹사이트를 구축하여 임의 시간에 데이터를 검색하는데 간편하게 하였다. 이는 잉어 분자 마커 보조의 유전 육종, 개체군 유전학과 자원 평가 등을 깊이 추진하는데 풍부한 마커 자원을 제공하였다. |
