초록 |
생물정보학 방법을 이용하여 Nicotiana tomentosiformis, N. sylvestris, N. benthamiana 3가지 담배 야생종 유전체 데이터 중의 SSR Loci 정보에 대해 분석하였다. 분석 결과, 전체길이가 각각 2.14 Gb, 2.44 Gb와 2.59 Gb인 Nicotiana tomentosiformis, N. sylvestris, N. benthamiana 유전체에서 각각 153,357개, 196,493개와 278,784개 SSR Loci를 얻었으며, 평균 13.94 kb, 12.42 kb와 9.31 kb 간격으로 하나의 SSR이 나타났다. SSR Loci 분포지역에서 대부분의 SSR Loci는 인트론과 UTR(특히 5′-UTR) 지역에 분포되었다. SSR motif 유형에서 주요하게 디뉴클레오티드, 트리뉴클레오티드 모티프에 집중되었으며, 양자는 총 SSR Loci 수효의 80% 이상을 차지하였고, 디뉴클레오티드 모티프 유형의 풍도가 가장 높았다. SSR motif 구조 중, 유전체에 나타나는 빈도 및 수효가 가장 높은 구조는 A(T) n 을 함유한 모티프 구조이다. SSR motif의 반복 차수에서 단일 뉴클레오티드 모티프 유형을 제외한 외, 반복 차수는 3~10번 사이에 있었다. 각각 5개 서로 다른 담배 그룹에 속한 8건의 담배 재료를 이용하여 합성한 300쌍의 프라이머를 검증하였으며, 합성한 모든 프라이머는 증폭하여 목표 조각을 얻을 수 있었는데, 그중 80쌍 프라이머는 증폭 다형성이 존재하였다. 결과적으로, Nicotiana tomentosiformis, N. sylvestris, N. benthamiana 유전체 내 SSR 마커는 혈연관계가 비교적 가까운 담배 종 사이에서 높은 보존성과 일반성을 갖고 있으며, 이 3건의 담배 야생종 유전체 데이터에 기반하여 개발한 SSR 프라이머는 후속의 관련 유전 연구에 이용할 수 있다는 것을 알수 있다. |