| 저자(한글) |
LI, Bin,LU, Bing-xia,QIN, Yi-bin,ZHAO, Wu,LIANG, Jia-xing,WEI, Chao-wen,HE, Ying,SU, Qian-lian,CHEN, Zhong-wei,BI, Bing-fen,DUAN, Qun-peng,LI, Ying-ying,JIANG, Jia-jia,LIANG, Bao-zhong,HUANG, Wei-jian |
| 초록 |
신속하고 민감도(sensitive)가 높고, 특이적(specific)인 돼지 일본뇌염(Japanese encephalitis, JE) 진단시약과 면역효과가 우수한 돼지 JE 유전자공학 백신(genetically engineered vaccine)을 연구개발하기 위해 2011년에 분리하여 얻은 중국 광시(Guangxi) 돼지 일본뇌염 바이러스(Japanese encephalitis virus, JEV) FC792 균주의 E유전자(E gene)에 대하여 클론, 서열분석 및 생물정보학적 분석을 진행하였다. 서열분석으로 길이가 1,500bp 되는 완벽한 FC792 균주의 E유전자 서열을 얻은 후 상동성 비교(homology comparison) 및 계통발생 분석(phylogenetic analysis)을 진행한 결과, FC792 균주는 유전자 Ⅲ형 JEV 독성균주에 속하는 약독성 균주(avirulence strain)인 것으로 나타났다. 온라인 소프트웨어 SignalP 4.1(online software SignalP 4.1)을 이용하여 FC792 균주의 E단백질 신호펩티드(signal peptide)를 예측한 결과, FC792 균주의 E 단백질에는 신호펩티드가 존재하지 않았다. 온라인 소프트웨어 NetNGlyc 1.0을 이용하여 예측한 결과, FC792 균주의 E 단백질에는 하나의 N-글루코실화 위치(N-glucosylation site)인 154-NYSA가 존재하였으며, 온라인 소프트웨어 NetPhos 2.0로 예측한 결과, 10개의 세린(Ser) 위치, 6개의 트레오닌(Thr), 5개의 티로신(Tyr) 위치 등 인산화 위치(phosphorylation sites)가 존재하였다. 온라인 면역정보학 소프트웨어로 예측한 결과, FC792 균주의 E단백질에는 16개의 B세포 항원 우점위치(B cells epitopes antigens)[점수(score) ge;0.85], 5개의 CTL 항원 결정위치, 10개의 Th 항원 결정위치가 있었다. 온라인 소프트웨어 GOR4로 FC792 균주의 E단백질 이차구조를 예측한 결과, alpha;-나선 영역( alpha;-helix region)은 21.20%를 차지하였으며, 연신사슬 영역(extended strand region)은 30.40%를 차지하였으며, 무규칙적 권곡 영역(random coil region)은 48.40%를 차지하였다. 온라인 소프트웨어 SWISS-MODEL로 FC792 균주 E단백질의 삼차원 구조를 상동성 모델링(three dimensional structure's homology modeling)을 진행한 결과, FC792 균주의 E단백질에는 대량의 무규칙적 권곡 영역과 연신사슬 영역이 존재하고, 또한 매우 많은 alpha;-나선 영역이 있었다. 이러한 나선 비클림 권곡(spiral twist curly) 구조는 좌우가 대칭되는 2개 서브유닛(subunit)이 있는 이합체 공간 입체구조(dimer stereochemical structure)를 형성하였다. 연구 결과는 향후에 돼지 JE 진단항원과 돼지 JE유전자 공학 백식을 연구제조하기 위한 참고적 가치를 제공하였다. |
