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논문 기본정보
EST-SSR marker development and its application in population genetic diversity analysis of Zostera marina
논문 개요
| 기관명 | NDSL |
|---|---|
| 저널명 | 漁業科學進展 = Progress in fishery sciences |
| ISSN | 2095-9869, |
| ISBN |
논문저자 및 소속기관 정보
| 저자(한글) | LIU, Fu-li,LIU, Kun,WANG, Fei-jiu,SUN, Xiu-tao,WANG, Wen-jun,LIANG, Zhou-rui,MA, Xing-yu |
|---|---|
| 저자(영문) | |
| 소속기관 | |
| 소속기관(영문) | |
| 출판인 | |
| 간행물 번호 | |
| 발행연도 | 2013-01-01 |
| 초록 | 본 연구에서는 NCBI의 EST 데이터베이스로부터 10,659개의 거머리말(Zostera marina) EST 서열을 다운로드하였으며, 그중에서 65개의 SSR 사이트를 얻었는데 SSR 발생 빈도는 1.7%, 평균 분포 거리는 21.7kb였다. 그중 트리뉴클레오티드(trinucleotide)가 49.2%로 지배적인 중복 유형이었으며 디뉴클리오티드(dinucleotide)가 33.8%로 그다음이었다. 65개의 SSR를 함유한 EST 서열을 기반으로 30쌍의 프라이머를 설계 및 합성하였으며 그 중 26쌍의 프라이머 증폭 산물은 단일하였고 조각 크기는 예측과 유사하거나 예측보다 약간 컸다. 16개의 거머리말 개체로 이루어진 집단에서 8쌍의 프라이머의 증폭 밴드가 다형성을 가지고 있었다. 이 8쌍의 프라이머를 이용하여 중국 칭다오(Qingdao) 후이취안완(Huiquan Bay)의 거머리말 자연 집단에서 유전 다양성 분석을 진행한 결과, 8개의 SSR로 총 33개의 대립 유전자 즉 하나의 SSR에서 평균 4.1개의 대립 유전자를 검출했다. 또 여러 유전 다양성 매개변수에 따르면 칭다오 후이취안완 거머리말 집단은 비교적 높은 유전 다양성을 가지고 있었다(Ho=0.5382; He=0.5776; I=0.5607). 본 연구에서 개발한 EST-SSR 마커는 거머리말의 SSR 마커 정보를 풍부히 할 수 있었고 거머리말의 분자 생태학 및 집단 유전학을 연구하는 데 더 많은 선택 가능한 마커를 제공하였다. |
| 원문URL | http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART69979487 |
| 첨부파일 |
추가정보
| 과학기술표준분류 | |
|---|---|
| ICT 기술분류 | |
| DDC 분류 | |
| 주제어 (키워드) | Zostera marina,EST,SSR,Genetic diversity,거머리말,EST,SSR,유전 다양성 |