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논문 기본정보
Complete genome sequencing and sequence analysis of BCG Tice
논문 개요
| 기관명 | NDSL |
|---|---|
| 저널명 | 微生物學報 = Acta microbiologica Sinica |
| ISSN | 0001-6209, |
| ISBN |
논문저자 및 소속기관 정보
| 저자(한글) | WANG, Zhiming,PAN, Yuanlong,WU, Jun,ZHU, Baoli |
|---|---|
| 저자(영문) | |
| 소속기관 | |
| 소속기관(영문) | |
| 출판인 | |
| 간행물 번호 | |
| 발행연도 | 2012-01-01 |
| 초록 | 목적: 결핵 예방 백신 미국주(Bacillus Calmette-Guerin Tice, BCG Tice)에 대한 게놈 격차 보완을 실시하여 게놈이 완전하고 안정적인 서열을 얻도록 하는 것이다. 기법: 우선 BCG Tice에 대하여 고수율 시퀀싱을 실시한 후 SOAPdenovo 소프트웨어로 얻은 데이터를 조합한다. 고수율 시퀀싱 과정에서 게놈의 일부 단락의 서열 피복도가 낮아서 시퀀싱 질량의 오차는 조합 후 많은 콘틱(contig)을 형성한다. 인접한 위치관계에 의해 확정된 contig은 하나의 scaffold를 형성하고 미처 감지하지 못한 단락을 gap이라 한다. 그리고 Contig 말단 설계 프라이머에 대하여 PCR 증폭을 실시하고 인접 contig을 연결하여 PCR 산물을 얻으며 그 산물에 대해 시퀀싱을 진행한다 . PCR 프라이머 설계 전략을 최적화하여 서로 다른 폴리메라아제에 대하여 중합반응을 일으키며 PCR 반응 조건의 조절 및 PCR 산물의 결합으로 클론 시퀀싱을 구축하는 등 기법을 사용하여 contig 사이의 gap을 보완한다 . 결과 : BCG Tice의 전체 게놈 시퀀싱을 완성하여 완정한 게놈 서열을 얻어 미국 국립 바이오기술 정보센서(NCBI)의 유전자 은행 데이터베이스에 제출하였다. 결론: BCG는 고 GC함량의 그람 양성 세균에 속하며 그 게놈 GC 함량은 65.65%에 달한다. 본 논문에서는 BCG Tice 게놈 gap을 사례로 들고 GC 함량 게놈 격차 보완 과정에서의 문제점과 채택한 전략에 대하여 서술하였으며 관련 고 GC 함량 게놈의 전제 게놈 시퀀싱 gap 연구에 참조를 제공한다. |
| 원문URL | http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART66519364 |
| 첨부파일 |
추가정보
| 과학기술표준분류 | |
|---|---|
| ICT 기술분류 | |
| DDC 분류 | |
| 주제어 (키워드) | BCG,high GC,gap finish,sequence analysis,BCG,고GC,격차 보완,서열 분석 |