| 초록 |
진핵세포 번역신장인자 1A(eukaryotic elongation factor 1 alpha, eEF1A)는 진핵생물의 단백질 번역 과정에서 아실화 tRNA(aminoacylated tRNA)를 핵당체A 위치에 전달하여 폴리펩티드 사슬 신장(polypeptide chain elongation) 반응에 참여시키는 다기능 단백질(multifunctional protein)이다. 본 논문은 주로 여러 가지 생물정보학적 분석 수단(variety of bioinformatics tools)을 이용하여 슈미테아 메디테라네아(Schmidtea mediterranea)의 번역신장인자1A(SmEF1A) 단백질 서열을 찾고, 또한 eEF1A 이종상동성 단백질(orthologous protein)을 탐색하였다. 그리고 90가닥의 이종상동성 단백질을 기반으로 eEF1A 단백질 계열의 진화흔적 (evolutionary trace)을 분석하고, 또한 SmEF1A 단백질의 기능위치(functional site)를 비교 연구하였다. 연구 결과, eEF1A 단백질 계열에서 모두 338개의 잔기흔적 위치(trace residues)와 20개의 잔기흔적 집중영역(trace residue rich regions)이 식별되었으며, 또한 SmEF1A 단백질의 기능위치와 잔기흔적 위치는 밀접한 관련성이 있었다. 그리고 GTP/Mg 2+ 의 결합과 관련된 S21, T72, D91, G94 등 중요한 위치는 모든 계열에서 보존된 잔기흔적이며, N-글리코실화(N-glycosylation), 인산화(phosphorylation) 등 단백질 수식(protein modification) 위치 중 잔기흔적 위치는 일반적으로 수식된 위치 혹은 수식 기능을 발휘하는 핵심적 보조위치인 것으로 나타났다. 그러나 분자 표면에 위치한 리간드 결합 포켓(ligand-binding pockets)은 20개의 잔기흔적 집중 영역 및 분자 표면에 형성된 잔기흔적 클러스터(residue clusters)와 밀접한 관련성이 있었다. eEF1A 단백질 계열의 진화경로 분석은 eEF1A 단백질에서 중요한 기능 영역의 핵심 잔기 확정과 기능이 알려지지 않은 위치의 예측에 중요한 정보를 제공하였다. |
