Amplification Characteristics of Single-strand Tetranucleotide Repetitive Sequences and Its Mechanism
기관명 | NDSL |
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저널명 | 生物化學與生物物理進展 = Progress in Biochemistry and Biophysics |
ISSN | 1000-3282, |
ISBN |
저자(한글) | TAO, Xian-ming,WANG, Peng-fei,WANG, Yang,LIANG, Xing-guo |
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저자(영문) | |
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소속기관(영문) | |
출판인 | |
간행물 번호 | |
발행연도 | 2014-01-01 |
초록 | 단순 반복 서열(simple sequence repeats, SSR)은 많은 생물종의 유전체에 광범위하게 존재하며 SSR의 생물학적 의미는 사람들의 관심을 점점 더 많이 받고 있다. 많은 SSR은 증폭을 통한 연장이 쉬우며 특정 반복 서열의 비정상적 연장은 일부 유전적 질병의 직접적 발병 원인이다. 본 연구는 20nt 길이의 60종 테트라뉴클레오티드 반복 서열(tetranucleotide repetitive sequences, TRS) 및 6종 디뉴클레오티드 반복 서열(dinucleotide repetitive sequences, DRS) 단일 사슬을 탬플릿으로 사용하였고 호열성 DNA 중합효소 작용 아래 그들의 등온 증폭 특성을 체계적으로 연구하였다. 전기영동 결과 다수의 단일 사슬 탬플릿은 증폭을 통해 연장되었다. 예를 들면 (AGGA) 5 와 같이 사슬에 상보적 염기가 존재하는 않는 서열마저도 증폭되었다. 정량분석 결과, 회문식(palindromic) 서열의 증폭은 가장 빨랐다. DRS는 동일한 염기로 구성된 TRS에 비해 증폭에 적합한 온도 범위가 더 넓었다. G와 C 함량이 높은 DNA는 G와 C 함량이 낮은 서열에 비해 증폭이 더 쉬웠다. G와 C 함량이 높을수록 높은 온도 조건에서의 증폭에 더 적합하였다. 반복 단위에 두 개 동일한 피리미딘(pyrimidine)을 포함한 사슬의 대부분은 상보 사슬에 비해 증폭이 용이하였다. 생성물 농도는 시간과 거의 선형적 관계를 나타냈다. 제한효소 분해 생성물을 분석한 결과 증폭 생성물과 탬플릿은 동일한 반복 단위를 함유하며 반복 서열의 단순 연장인 것으로 나타났다. 실험 결과 및 관련 문헌을 바탕으로 다음과 같은 두 개 단계를 포함한 반복 서열 단일 사슬 증폭 모델을 제안하였다. 즉 사슬 속 슬라이드 증폭 단계와 머리핀 구조(hairpin structure) DNA 유도 증폭 단계이다. 본 제안은 반복 서열의 비특이적 증폭 및 관련 질병 발병 메커니즘 연구에 참고정보를 제공한다. |
원문URL | http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART71272362 |
첨부파일 |
과학기술표준분류 | |
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ICT 기술분류 | |
DDC 분류 | |
주제어 (키워드) | tetranucleotide repetitive sequences,isothermal amplification,non-specific amplification,molecular evolution,hairpin structure,테트라뉴클레오티드 반복 서열,등온 증폭,비특이적 증폭,분자 진화,머리핀 구조 |