| 저자(한글) |
ZHANG, Shuai,WANG, Chong-ming,YUE, Zhi-qin,SONG, Xiao-ling,BAI, Chang-ming,YIN, Wei-li,HUANG, Jie |
| 초록 |
급성 바이러스성 괴사 바이러스(Acute Viral Necrosis Virus, AVNV)인 Anadara uropygimelana의 발병 메커니즘 및 IAP-86 단백질의 기능을 심층 연구하고자, AVNV에 감염되어 거의 죽은 Anadara uropygimelana의 외투막에서 총 RNA를 추출하고 역전사를 거쳐 cDNA를 얻었다. NCBI에 공개된 AVNV 전 유전체 서열 중의 ORF86 서열에 근거하여 두 쌍의 네스티드 역방향 프라이머(nested reverse primer)를 설계하고, cDNA 말단 신속 증폭(rapid amplification of cDNA ends, RACE)기술을 이용하여 ORF86의 5'말단과 3'말단의 비코딩 영역을 얻었으며, 접합을 통하여 전체길이 cDNA 서열을 얻었다. Blast 서열 비교를 통하여, 해당 유전자와 굴 포진바이러스(Oyster herpetovirus)의 상동성이 100%, 파래가리비(Chlamys Farreri) AVNV의 상동성이 99%이며, 반복 유전자가 존재한다는 것을 발견하였다. 생물정보학적 분석을 통하여, 해당 단백질이 신호 펩티드를 갖고 있지 않으며, 막관통 영역이 존재하지 않고, 최대 소수성 지수가 1.800, 최소 소수성 지수가 ?3.456임을 예측하였다. 해당 단백질에는 8개 잠재적 인산화 부위[5개의 세린(serine) 부위, 하나의 트레오닌(threonine) 부위와 2개의 타이로신(tyrosine) 부위], 하나의 잠재적 O-글리코실레이션(O-glycosylation) 부위가 존재하였으나, 잠재적 N-글리코실화(glycosylation) 부위는 존재하지 않았다. 항원결정 부위(epitope)는 주요하게 8-11, 14-16, 28-39, 75-76, 88-95, 97-100, 147-158번째 아미노산에 집중되었다. 해당 바이러스가 굴 포진바이러스의 변이주일 수 있으며, 유전자 반복이 해당 유형의 바이러스 진화과정에 중요한 역할을 하는 것으로 추정된다. |
