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논문 기본정보
An Optimization Algorithm for Simulating Protein Folding Structures in Lattice Models
논문 개요
| 기관명 | NDSL |
|---|---|
| 저널명 | 生物化學與生物物理進展 = Progress in Biochemistry and Biophysics |
| ISSN | 1000-3282, |
| ISBN |
논문저자 및 소속기관 정보
| 저자(한글) | LIU, Jing-fa,SONG, Bei-bei,LIU, Chao-xia,SUN, Yuan-yuan,HUANG, Wei-bo |
|---|---|
| 저자(영문) | |
| 소속기관 | |
| 소속기관(영문) | |
| 출판인 | |
| 간행물 번호 | |
| 발행연도 | 2014-01-01 |
| 초록 | 단백질 접힘 문제(protein folding problem)는 생물정보학(bioinformatics)의 전형적인 복잡한 과정을 가진 비결정적 다항식(non-deterministic polynomial, NP) 난제이다. ELP(energy landscape paving) 방법은 휴리스틱(heuristic) 전역 최적화 알고리즘이다. ELP 방법 중의 히스토그램 함수(histogram function)에 새로운 업데이트 메커니즘을 적용하였고, 탐욕 전략(greedy strategy) 기반의 초기 형태 생성과 당겨 이동(pull-moves)에 기반한 인근 영역 탐색 전략을 ELP 방법에 결합시켰다. 이로써 면심 입방(face-centered-cube, FCC) 격자 모델의 단백질 접힘 문제를 고려한 개선된 ELP(ELP+) 알고리즘을 설립하였다. 문헌에 소개된 9가닥 일반 서열을 대상하여 테스트하였다. 각 가닥 서열에 대한 테스트에서 ELP+ 알고리즘은 문헌 중 알고리즘으로부터 획득한 최저 에너지와 같거나 또는 더 낮은 에너지를 얻었다. 실험 결과 ELP+ 알고리즘은 FCC 격자 모델의 단백질 접힘 문제를 해결하는 효과적인 알고리즘인 것으로 나타났다. |
| 원문URL | http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART71272364 |
| 첨부파일 |
추가정보
| 과학기술표준분류 | |
|---|---|
| ICT 기술분류 | |
| DDC 분류 | |
| 주제어 (키워드) | protein folding problem,energy landscape paving method,pull-moves,FCC lattice model,단백질 접힘 문제,ELP(energy landscape paving),당겨 이동,FCC 격자 모델 |