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논문 기본정보

Bioinformatics analysis of the expansin gene family in rice

논문 개요

기관명, 저널명, ISSN, ISBN 으로 구성된 논문 개요 표입니다.
기관명 NDSL
저널명 遺傳 = Hereditas
ISSN 0253-9772,
ISBN

논문저자 및 소속기관 정보

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저자(한글) SHI, Yang,XU, Xiao,LI, Hao-yang,XU, Qian,XU, Ji-chen
저자(영문)
소속기관
소속기관(영문)
출판인
간행물 번호
발행연도 2014-01-01
초록 익스팬신(expansin)은 식물 세포벽의 중요한 구성 부분으로써 세포벽을 느슨해지게 하고 세포벽의 유인성을 증가시키는 작용을 하여 식물의 생장 발육과 저항성 등 방면에서 중요한 역할을 한다. 벼의 전 유전체 서열 통계 분석 결과, 벼의 익스팬신 유전자 집단에는 58개의 유전자가 포함되며 각각 A(34), B(19), LA(4), LB(1) 등 4개의 아집단( subfamily )에 속하고 벼의 10개 염색체에서의 58개 위치점에 분포되었으며 같은 아집단의 유전자는 클러스터(cluster)로 존재하였다. 익스팬신 유전자의 길이 범위는 687~1,128bp이고, 암호화된 단백질(encoded protein)은 보존적 도메인(domain) 및 보존적인 시스테인(cysteine)과 트립토판(tryptophan) 잔기(residue)를 가지고 있었다. 대부분 경우에서 아집단의 유전자 사이에 아미노산의 일치율은 25%에 작은 반면에 같은 아집단의 유전자 사이에 아미노산의 일치율은 35%로 컸다. 인트론(intron)과 엑손(exon)의 구성 모델에서 벼의 익스팬신은 뚜렷한 아집단 특이성이 나타났다. 일부의 유전자 이외에, A 아집단의 유전자에는1 혹은 2개의 인트론, B 아집단에는 3개의 인트론, LA와 LB 아집단에는 4개의 인트론이 포함되었다. 코톤(codon) 사용의 통계 결과, 기타 종(species)에 비하면 벼의 익스팬신은 더 많은 코톤 사용 선호성을 가지고 26개의 고빈도 코돈이 존재하였다. 연구 결과는 벼의 익스팬신 유전자 집단의 기본적 정보를 보여주어 익스팬신 유전자의 기능을 연구하고 종 간의 진화 관계를 검토하는데 기초를 마련하였다.
원문URL http://click.ndsl.kr/servlet/OpenAPIDetailView?keyValue=03553784&target=NART&cn=NART75839569
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과학기술표준분류
ICT 기술분류
DDC 분류
주제어 (키워드) rice,expansin,cell wall,gene family,bioinformatics,벼,익스팬신,세포벽,유전자 집단,생물 정보학