| 저자(한글) |
DONG, Xiao-ming,ZHENG, Wei-wei,YIN, Rong-hua,ZHAN, Yi-qun,YANG, Xiao-ming,LI, Zhang-yan |
| 초록 |
적혈구 분화 관련 유전자(erythroid differentiation-associated gene, EDAG)가 조혈과정에서의 작용 메커니즘을 규명하기 위해 염색체 면역침강-초고속 염기서열분석(ChIP-seq)을 이용하여 EDAG의 전유전체 결합 스펙트럼(whole genome binding spectrum)을 분석하였다. 우선 임신부의 제대혈(cord blood)에서 CD34 + 세포를 분리한 후, EPO로 CD34 + 세포를 유도하여 5일 배양하였다. 그리고 EDAG 항체를 이용하여 염색체 면역침강(chromatin immunoprecipitation, ChIP)실험, 웨스턴 블로팅법(Western blotting)으로 EDAG 항체의 농축현황을 검사하였다. 농축하여 얻은 DNA샘플에 대하여 초고속 염기설분석(high throughput sequencing)을 진행하였으며, 또한 생물정보학적 분석(bioinformatics)으로 서열분석 결과를 분석하였다. 농축시킨 염색체 DNA에 대하여 초고속 염기설분석과 생물정보학적 분석을 진행한 결과, EDAG 결합위치에는1,292개의 Peaks가 나타났는데 이는 975개의 결합된 유전자가 있다는 것을 의미하며, 또한 FDR(false discovery rate)은 0.0001 보다 작은 것으로 나타났다. EDAG Peaks는 주로 유전자 사이(intergenic)지역과 인트론(intron) 지역에 분포되어 있었다. Q-PCR법을 이용하여 ChIP-Seq 데이터를 심층적으로 검증한 결과, EDAG는 검출된 표적 유전자의 조절지역에 결합되어 있었다. EDAG와 결합된 유전자에 대하여 유전자 기능(gene ontology, GO)분석을 진행한 결과, EDAG는 세포주기, 세포생장, 세포분화, 세포사멸 및 신호경로 등 여러가지 생물학적 과정에 참여한 것으로 나타났다. 이로부터 ChIP-seq 기술을 이용하여 적혈구생성소(erythropoietin, EPO)를 유도 및 분화시켜 생성된 CD34 + 세포 중에서 1,292개의 EDAG와 결합된 peaks가 검출되었는데 이는 975개의 유전자에 해당되었으며, 또한 이러한 결과를 임의로 검증한 결과, EDAG는 여러가지 생물학적 과정에 광범위하게 참여한 것으로 나타났다. 본 연구는 EDAG의 기능 및 작용 메커니즘을 규명하는데 근거를 제공하였다. |
